Para compilar o PHP-GTK2, você precisará primeiro compilar o PHP5, para então compilar o PHP-GTK2. Antes disso, você precisará das ferramentas de compilação GNU:

Instalando as ferramentas de compilação
# apt-get install make automake autoconf
                  gcc cpp g++ libtool libc6-dev 
Compilando o PHP
# ./configure \
    --disable-cgi \
    --enable-cli \
    --prefix=/usr/local/php-gtk2 \
    --with-mysql=<caminho do mysql> \
    --with-mysqli=<caminho do mysql>/bin/mysql_config \
    --with-pgsql=<caminho do postgresql> \
    --with-pdo-pgsql=<caminho do postgresql> \
    --with-pdo-mysql=<caminho do mysql> \
    --with-libxml-dir=<caminho da libxml> \
    --with-pdo-sqlite \
    --with-gd \
    --with-zlib \
    --with-mcrypt \
    --enable-dbase \
    --enable-soap \
    --enable-calendar \
    --enable-sockets \
    --enable-ftp \
    
# make
# make install
        

Após compilar o PHP, você pode compilar o PHP-GTK. Para isto, precisará das versões de desenvolvimento das bibliotecas libglib2 e libgtk2:

Instalando versão devel das bibliotecas gráficas
# apt-get install libglib2.0-dev
# apt-get install libgtk2.0-dev

Preparando compilação
# ./buildconf --with-phpize=<caminho da binário phpize> \
              --with-php-config=<caminho do binário php-config> \

Compilando
# ./configure \
	--with-php-config=<caminho do binário php-config> \
	--enable-scintilla
    
# make
# make install

Testando o php-gtk2
escreva o seguinte programa:

<?php
$janela = new GtkWindow;
$janela->show_all();
Gtk::Main();
?>

# php-gtk2 <seu-programa.php>
Obs: Se aparecer uma janela na tela, funcionou.